بیماری حباب خشک (ناشی از قارچ Lecanicillium fungicola) یکی از مهلک ترین بیماری قارچ دکمه ای (Agaricus bisporus) در سراسر جهان است. بسیاری از علایم این بیماری با یکی دیگر از جدی ترین بیماری های قارچ دکمه ای (بیماری حباب تر ناشی از Mycogone perniciosa) مشابه است. تشخیص سریع و به موقع می تواند نقش تعیین کننده ای در مدیریت این بیماری ایفا نماید. برای تشخیص اختصاصی L. fungicola یک جفت آغازگر با توانایی تکثیر دو باند 650 و 800 جفت بازی از ناحیه rDNA طراحی شد که در هر مرحله ای از توسعه بیماری قادر به تشخیص آن می باشد. در این تحقیق همچنین، روش ساده ای برای استخراج مستقیم دی. ان. آ. از کلاهک های قارچ دکمه ای ابداع شد و تاثیر پیشتیمار بافت کلاهک بر کارایی این روش مورد بررسی قرار گرفت. به علاوه در این مقاله، گونه Simplicillium lamellicola با استفاده از آغازگرهای عمومی ناحیه آی. تی. اس. برای قارچ ها از ایران گزارش می شود.متن کامل این مقاله به زبان انگلیسی می باشد. لطفا برای مشاهده متن کامل مقاله به بخش انگلیسی مراجعه فرمایید.لطفا برای مشاهده متن کامل این مقاله اینجا را کلیک کنید.

شناسایی دقیق گونه های میزبان برای تشخیص بیماری و اتخاذ استراتژی صحیح مدیریت آن بسیار مهم است. گونه Paecilomyces formosus، عامل سرخشکیدگی و زوال بلوط، تهدیدی نوظهور است که ممکن است در آینده جنگل های زاگرس ایران را در معرض خطر جدی قرار دهد. در این مطالعه از واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو با جفت آغازگرهای اختصاصی PaMF و PaMR طراحی شده از مقایسه توالی های نوکلئوتیدی ناحیه نسخه برداری شده داخلی DNA ریبوزومی هسته ای (ITS) گونه P. formosus و سایر آرایه های نزدیک، برای تشخیص این گونه استفاده شد. برای این منظور نمونه برداری از درختان جنگلی با علائم سرخشکیدگی در دو استان کرمانشاه و ایلام صورت گرفت. جدایه های Paecilomyces با استفاده از ویژگی های ریخت شناختی، تولید اسید روی محیط کشت کراتین سوکروز آگار و توالی یابی ناحیه ITS-rDNA و قسمتی از ژن بتاتوبولین شناسایی گردیدند.  با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو، باند 441 جفت بازی منحصراً از DNA ژنومی P. formosus تکثیر شد و هیچ باندی برای سایر گونه ها و از جمله گونه P. variotii مشاهده نشد. روش واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو می تواند 100 پیکوگرم از DNA ژنومی P. formosus را ردیابی کند. شصت درخت از هفت منطقه درجنگل های زاگرس با علائم سرخشکیدگی مورد ارزیابی قرار گرفت که گونه های گیاهی کرف (Acer sp.)، بلوط لبنانی (Quercus libani)، کیکم (کرکو) (Acer monspessulanum)، کنار (Ziziphus spina-christi)، انجیر  (Ficus carica)، پلت (Acer sp.)، تِنْگِس (Amygdalus lycioides)، گز (Tamarix ramosissima)، آلبالوی وحشی(Cerasus microcarpa)  و گیلاس وحشی (Cerasus avium)  برای اولین بار به عنوان میزبان های جدید برای P. formosus گزارش می شوند. تائید بیماریزایی جدایه ها با مایه زنی روی شاخه های بریده و شاخه های سالم درختان انجام شد. آغازگرهای اختصاصی طراحی شده در این تحقیق می تواند برای ردیابی سریع و مطمئن P. formosus، پایش همه گیری ها و اتخاذ استراتژی های صحیح مدیریتی در جنگل های زاگرس مورد استفاده قرار گیرد.

بیماری سیگاتوکای موز یک بیماری مرکب می باشد که سه گونه M. musicola, M. fijiensis و M. eumusae بعنوان عوامل اولیه ایجادکننده این بیماری به شمار می روند. شناسایی کلاسیک این سه گونه به خاطر همپوشانی علایم بیماری، عدم وجود تفاوت مورفولوژیک بارز در مرحله تلئومورف و عدم اسپورزایی آنها روی محیط های کشت مصنوعی مشکل می باشد. پراکنش دقیق گونه های فوق و اپیدمیولوژی این بیماری هنوز به طور کامل مشخص نگردیده است. علاوه بر این، دو گونه M. fijiensis و M. eumusae در بسیاری از کشورهای تولیدکننده موز حضور نداشته و گونه های قرنطینه ای به حساب می آیند. بنابراین، شناسایی سریع و دقیق آنها جهت به کار گیری استراتژی مناسب مدیریتی ضروری به نظر می رسد. در تحقیق حاضر آغازگر های اختصاصی برای هریک از گونه های فوق بر اساس توالی بخشی از ژن کدکننده اکتین طراحی گردیدند که به ترتیب قطعاتی به طول های 500 جفت باز (M. fijiensis)، 200 جفت باز (M. musicola) و 630 جفت باز (M. eumusae) را تکثیر کردند. کارآیی آغازگرهای اختصاصی هرگونه روی DNA استخراج شده از کشت های خالص و بافت های برگ های آلوده گیاه میزیان، آزمایش و تایید شدند. نتایج حاصل از بررسی میزان حساسیت آغازگرها نشان داد که آغازگرهای اختصاصی طراحی شده برای هر یک از گونه های M. Musicola، M. fijiensis و M. eumusae به ترتیب توانایی تکثیر قطعه مورد نظر با غلظت های 100، 10 و یک پیکوگرم DNA از گونه هدف را دارا هستند.

گونه یPhytophthora erythroseptica، عامل پوسیدگی صورتی سیب زمینی، یکی از اُاُمیست های بیماری زای گیاهی است که خسارت اقتصادی قابل توجهی را در مزرعه و انبار وارد می کند. به منظور شناسایی و ردیابی دقیق و حساس P. erythroseptica، شش توالی هسته ای و میتوکندریایی برای طراحی آغازگرهای اختصاصی مورد بررسی قرار گرفت. به دلیل شباهت زیاد توالی-های P. erythroseptica به خویشاوندان نزدیکش، تنها یک توالی هسته ای (TigA) برای طراحی آغازگرهای اختصاصی مناسب تشخیص داده شد. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، شیوه ای از واکنش زنجیره ای ساده و تودرتو برای شناسایی و ردیابی P. erythroseptica ابداع شد. اختصاصیت آغازگرهای طراحی شده با استفاده از مجموعه ای از گونه های فیتوفتورا متعلق به تبارهای فیلوژنتیکی مختلف و نیز خویشاوندان نزدیک P. erythroseptica ارزیابی شد. ردیابی P. erythroseptica در دی ان ای خالص بیمارگر و دی ان ای استخراج شده از بافت های گیاهی آلوده شامل سیب زمینی، گوجه فرنگی و اسفناج با استفاده از آغازگرها با موفقیت انجام شد. آغازگرهای اختصاصی10 پیکوگرم از دی ان ای خالص P. erythroseptica را در واکنش زنجیره ای پلیمراز ساده ردیابی کردند، با این حال واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو، حساسیت آغازگرها را حداقل صد برابر افزایش داد. همچنین، آغازگرهای اختصاصی قادر به ردیابی P. erythroseptica به عنوان والد پدری یا مادری در جدایه های دورگ بودند؛ این ویژگی به شناسایی یکی از والدین در دورگ های P. erythroseptica کمک شایانی می کند.

گونه ی Biscogniauxia mediterranea، عامل بیماری ذغالی بلوط، به عنوان یکی از عوامل اصلی دخیل در زوال بلوط در ایران معرفی شده است. با این حال اطلاعاتی در مورد پراکنش، دامنه ی میزبانی، روش های انتشار و انتقال عامل بیماری در مناطق آلوده و همچنین احتمال شیوع بیماری در سایر مناطق جنگلی ایران در دسترس نمی باشد. تحقیق حاضربا هدف توسعه ی یک روش مولکولی مبتنی بر واکنش زنجیره ای پلی مرازی جهت تشخیص گونه ی B. mediterranea براساس آغازگرهای اختصاصی گونه، اجرا گردید. بدین منظور نمونه برداری از درختان بلوط با علایم بیماری ذغالی در استان ایلام صورت گرفت. عامل بیماری با استفاده از تکنیک های متعارف در بیماری شناسی گیاهی جداسازی و خالص سازی گردید. جدایه های Biscogniauxia براساس ویژگی های ریخت شناختی مرحله ی جنسی و توالی یابی ناحیه ITS-rDNAگونه ی B. mediterranea شناسایی گردیدند. داده های توالی ناحیه ی ITS-rDNA برای کلیه ی گونه-های Biscogniauxia موجود در بانک ژن دریافت و همراه با توالی های ایجاد شده در این تحقیق زیر هم چینی و یک جفت آغازگر اختصاصی (BmF/BmR) با طول قطعه ی مورد انتظار400 جفت باز، برای تشخیص مولکولی B. mediterranea طراحی گردید. کارایی جفت آغازگر طراحی شده با استفاده از DNA جدایه های B. mediterranea و دیگر گروه های قارچی جداسازی شده از بافت های درختان بلوط طی واکنش زنجیره ای پلی مرازی ارزیابی گردید. نتایج حاصل از بررسی محصول واکنش روی ژل آگارز نشان داد که قطعه 400 جفت بازی فقط از جدایه های گونه ی B. mediterranea تکثیر می شود. آغازگرهای اختصاصی طراحی شده در این تحقیق در برنامه های مربوط به ردیابی عامل بیماری، مطالعه ی پراکنش، دامنه ی میزبانی و روش های انتشار عامل بیماری قابل استفاده خواهند بود.

این تحقیق به منظور بررسی روشهای کلاسیک و آغازگرهای اختصاصی در ردیابی قارچهای اندوفیت در گیاهان علفی تیره گندمیان صورت گرفت که در راستای این هدف، 20 جدایه قارچ از چهار میزبان مرتعی Bromus tomentellus، Lolium prenne، Festuca pratensis و Festuca arundinacea جداسازی گردید. نمونه ها ابتدا از طریق رنگ آمیزی با محلول رنگی رز بنگال از نظر حضور قارچ اندوفیت آزمایش شدند، سپس نمونه های حاوی قارچ روی محیطهای کشت متفاوت کشت شدند. با توجه به تفسیر دندروگرام قارچ های اندوفیت در هر میزبان مشابه بودند. قارچ های جدا شده از F. pratensis با F. arundinacea  در یک گروه قرار گرفتند که این امر نشان دهنده شباهت بیشتری بین این قارچها است DNA .قارچهای اندوفیت پس از استخراج با استفاده از یک گروه آغازگر عمومی ITSI, ITS4  و دو گروه آغازگر اختصاصی  IS1, IS3 و2-1،1-11طی واکنش زنجیره ای پلیمر از تکثیر شده و حضور قارچهای اندوفیت جنس Neotyphodium در آنان مورد بررسی قرار گرفت. تمام نمونه ها با آغازگرهای ITS1, ITS4  ایجاد باندی بین 750 - 550 جفت بازی نمودند که این باند براساس منابع موجود نشانه وجود قارچ اندوفیت است. آغازگرهای 2-1،11-11 با برخی نمونه ها ایجاد باند 1000 جفت بازی نمودند که این باند مختص جنس Neotyphodium است. به منظور بالابردن دقت کار، از آغازگرهای IS1, IS3  که با قارچهای اندوفیت جنس Neotyphodium ایجاد باند 444 جفت بازی می نماید، استفاده گردید. از میان 20 جدایه مورد آزمایش، 18 جدایه تولید باند 444 جفت بازی که مختص جدایه جنسNeotyphodium  بود را تولید نمودند. دو جدایه با نامهای FpGon و FaSm  که با آغازگرهای ITS1, ITS4 ایجاد باند750-550 جفت بازی نموده بودند، با آغازگرهای IS1, IS3 باند 444 جفت بازی را تولید نکردند. به احتمال زیاد این جدایه ها قارچهای اندوفیتی به جز گونه های Neotyphodium می باشند.

مقدمه: پژوهش حاضر به منظور ارزیابی وقوع جدایه های قارچ فوزاریوم پرولیفراتوم تولیدکننده مایکوتوکسین در آجیل در عراق انجام شد.مواد و روش ها: در این پژوهش 108 نمونه آجیل از فروشگاه های مختلف در عراق جمع آوری شد. ویژگی های ریخت شناسی گونه های فوزاریوم با استفاده از محیط کشت های برگ میخک-آگار و عصاره سیب زمینی-دکستروز-آگار بررسی شد. جدایه های فوزاریوم پرولیفراتوم با استفاده از آغازگرهای اختصاصی PRO1/PRO2 تایید شد. در این پژوهش همچنین قابلیت تولید زهرابه فومونیزین توسط جدایه های فوزاریومپرولیفراتوم با استفاده از آغازگرهای طراحی شده برای ژن (FUM1 (FUM1 F/FUM1 R بررسی شد.نتایج: در این تحقیق 28 جدایه قارچ جداسازی شد که بر اساس بررسی های ریخت شناسی 3 گونه قارچی شناسایی شد که شامل گونه های فوزاریوم پرولیفراتوم (12)، آسپرژیلوس نایجر (8)، آسپرژیلوس فلاووس (5) و گونه نامشخصی از پنیسلیوم (3) بودند. آغازگرهای اختصاصی PRO1/PRO2، قطعه 585 جفت بازی را در همه جدایه های فوزاریوم پرولیفراتوم را تولید کردند. تکثیر قطعه دی ان ای (183 جفت بازی) ژن FUM1 با استفاده از آغازگرهای FUM1 F/FUM1 R تقریبا در 42 درصد از جدایه های فوزاریوم پرولیفراتوم بدست آمد.بحث و نتیجه گیری: از بین 12 جدایه فوزاریوم پرولیفراتوم، 5 جدایه (42~) قابلیت تولید فومونیزین داشتند. این پژوهش برای نخستین بار در عراق انجام شد و بر اساس مطالعات مولکولی قابلیت جدایه های گونه مرکب فوزاریوم فوجیکوروی (FFSC) ارزیابی شد. مقالات این شماره به زبان انگلیسی منتشر شده و برای مشاهده مقالات به بخش انگلیسی مراجعه فرمایید.لطفا برای مشاهده مقالات انگلیسی اینجا را کلیک کنید.

روش سریع و حساس واکنش های زنجیره ای پلی مراز جهت تشخیص آلودگی های پنهان ناشی از Ralstoni solanacearum عامل پژمردگی باکتریایی بررسی شد. با استفاده از جفت آغازگرهای D1V2F/ D1V2R اختصاصی گروه 2 این باکتری طی واکنش زنجیره ای پلی مراز در بوته های سیب زمینی دارای علایم آشکار و بدون علایم قطعه DNA به اندازه 1019bp تکثیر شد. اما مطابق انتظار با جفت آغازگر D1VIF/ D1VIR اختصاصی گروه 1 هیچ گونه قطعه DNA در بوته های سیب زمینی و گوجه فرنگی تکثیر نشد. همچنین سیب زمینی و گوجه فرنگی سالم نیز در واکنش زنجیره ای پلی مراز با آغازگرهای اختصاصی هر دو گروه هیچگونه واکنشی انجام نداد.

لکه برگی سرکوسپورایی چغندرقند با عامل Cercospora beticola یکی از مهم ترین بیماری های اندام های هوایی چغندرقند می باشد. با توجه به مشکلات موجود در شناسایی گونه های مختلف Cercospora بر اساس خصوصیات ریخت شناسی، در این تحقیق دو مجموعه آغازگرهای اختصاصی طراحی شده بر اساس توالی ژن کالمودولین و اکتین جهت تشخیص مولکولی این گونه مورد استفاده واقع شد. برای این منظور جدایه های استاندارد C. beticola همراه با دیگر جدایه های این گونه که از گیاهان چغندرقند جداسازی شدند، مورد استفاده قرار گرفتند. کارایی این آغازگرها روی جدایه های Cercospora جمع آوری شده از علف های هرز نیز ارزیابی گردید. جفت آغازگر طراحی شده بر اساس توالی ژن اکتین قادر به تشخیص اختصاصی C. beticola از دیگر گونه های این جنس و دیگر گروه های قارچی نبود. آغازگرهای مبتنی بر ژن کالمودولین قطعه ای به طول 234 جفت باز از تمامی جدایه های Cercospora و قطعه ای به طول 176 جفت باز را به صورت اختصاصی از جدایه های C. beticola تکثیر و با موفقیت گونه C. beticola را از دیگر گونه های این جنس تفکیک نمودند. بنابراین از این مجموعه آغازگر می توان برای غربال کردن گونه C. beticola از دیگر گونه های این جنس و ردیابی و تعیین دامنه میزبانی گونه C. beticola استفاده نمود.

هدف: در این مطالعه کارآیی روش مولکولی PCR-RFLP و PCR اختصاص به گونه به عنوان روش های نوین و سریع برای تعیین آلودگی نمونه های خون آلوده به بورلیا پرسیکا و بورلیا میکروتی عوامل تب راجعه بررسی شد.مواد و روش ها:DNA  بورلیا از خون حاوی بورلیا پرسیکا و بورلیا میکروتی با پارازیتمی بالا استخراج شد و به کمک آغازگرهای اختصاصی مناطق حفاظت شده دو ژن مختلف GlpQ و 16S rDNA تکثیر و تعیین توالی شد؛ سپس برای افتراق بین دو گونه نقشه فیزیکی و محل برش آنزیمی روی مولکول DNA هر گونه تعیین و نشانگرهای مولکولی موردنظر شناسایی شد. سپس کارایی آنزیم های برش دهنده انتخابی در واکنش های PCR-RFLP برای تفکیک و شناسایی دو گونه از همدیگر بررسی شدند. همچنین با توجه به اختلافات موجود در توالی ژن  GlpQآغازگرهای اختصاص به گونه برای تشخیص دو گونه طراحی و آزمایش شدند.نتایج: نتایج مطالعه نشان داد که روش PCR می تواند آلودگی را به خوبی در نمونه های خون آلوده مشخص نماید. به دنبال PCR، آنزیم های DraI، HinfI، EcoRI، SspI،TaqI  برای ژن GlpQ و آنزیم TaqI برای ژن16S rDNA  قادرند دو گونه بورلیا پرسیکا و بورلیا میکروتی را از هم تفکیک نمایند. همچنین با آغازگرهای اختصاصی ژن GlpQ، جفت آغازگر 795r و BMGLPF محصول PCR اختصاصی برای بورلیا میکروتی به طول 451 جفت باز و جفت آغازگر 128f و BPGLPR محصول اختصاصی برای بورلیا پرسیکا به طول 252 جفت باز تولید می کنند که تشخیص دو گونه را امکان پذیر می سازد.نتیجه گیری: در این مطالعه روش PCR-RFLP و PCR با آغازگرهای اختصاصی برای نخستین بار برای تمایز دو گونه بورلیا میکروتی و بورلیا پرسیکا استفاده شد. آغازگرهای اختصاصی (BMGLPF/R) این مطالعه و PCR-RFLP بسیار خوب عمل نموده و با توجه به سرعت و دقت بالای آن ها می توانند جایگزین روش کلاسیک و وقت گیر تعیین آلودگی و تشخیص این دو گونه شوند و برای استفاده در آزمایشگاه های تشخیص طبی ایران و سایر مناطق آلوده در خاورمیانه توصیه شود.